Es gibt folgende Geschichte zu der Basilika:

Der Bischof Eustorgius hätte die Gebeine der Heiligen Drei Könige aus dem Morgenland (Caspar, Melchior und Balthasar), ein Geschenk eines Sohnes Konstantins an den Mailänder Bischof aus Konstantinopel in einem Karren nach Mailand gebracht und in der Kirche in einem Sarg eingelagert, wo sie über 700 Jahre fast vergessen blieben, bevor die Kirche von Friedrich Barbarossa 1164 fast vollständig ausgeraubt und zerstört wurde. Später wurden die Gebeine und Reliquien der Heiligen drei Könige von Barbarossa nach Köln verschleppt und erst Jahrhunderte später teilweise wieder zurückgegeben. Heute liegen die Reliquien der Heiligen drei Könige im Dom zu Köln, der seinerzeit aus diesem Grund gebaut worden war.

Heute erzählen auch die Triptychon sowie die Fresken im Inneren der Basilika vom Leben und von der Überführung des Sarkophags der Heiligen 3 Könige. Aufgrund dessen, wird am Tag der Heiligen Drei Könige dieses Ereignisses mit einem Pilgerzug vom Dom zur Basilika St. Eustorgio gedacht.